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青蓮院門跡（しょうれんいんもんぜき）は、天台宗総本山比叡山延暦寺の三門跡（注１）の一つとして古くより知られ、現在は天台宗の京都五箇室門跡（注２）の一つに数えられています。青蓮院門跡は、古くより皇室と関わり深く格式の高い門跡寺院（注３）とされております。
（注１）天台宗の三門跡寺院…青蓮院、三千院、妙法院
（注２）五箇室…青蓮院門跡、妙法院門跡、三千院門跡、曼殊院門跡、毘沙門堂門跡
（注３）門跡寺院…門主（住職）が皇室或いは摂関家によって受け継がれてきたお寺のこと。
起源は伝教大師最澄による「青蓮坊」
日本天台宗の祖最澄（伝教大師）が比叡山延暦寺を開くにあたって、山頂に僧侶の住坊を幾つも作りましたが、その一つの「青蓮坊」が青蓮院の起源であると云われています。伝教大師から円仁（えんにん、慈覚大師）、安恵（あんね）、相応等、延暦寺の法燈を継いだ著名な僧侶の住居となり、東塔の主流をなす坊でした。
門跡寺としての青蓮院の始まり
平安時代末期に、青蓮坊の第十二代行玄大僧正（藤原師実の子）に鳥羽法皇が御帰依になって第七王子をその弟子とされ、院の御所に準じて京都に殿舎を造営して、青蓮院と改称せしめられたのが門跡寺院としての青蓮院の始まりであり、行玄が第一世の門主であります。
その後明治に至るまで、門主は殆ど皇族であるか、五摂家の子弟に限られていました。
青蓮院の歴代門主
青蓮院が最も隆盛を極めましたのは、平安末期から鎌倉時代に及ぶ、第三代門主慈圓（慈鎮和尚、じちんかしょう、藤原兼実の弟）の時です。慈圓は四度天台座主をつとめ、その宗風は日本仏教界を風靡しました。また、日本人初めての歴史哲学者として不朽の名著「愚管抄」を残し、新古今時代の国民的歌人として「拾玉集」も残しております。
慈圓は、時代の流れにも積極的な理解と対応を示し、当時まだ新興宗教であった浄土宗の祖法然上人や、浄土真宗の祖親鸞聖人にも理解を示し、延暦寺の抑圧から庇護致しました。それ故、現在でも青蓮院は、浄土真宗との関係は深いのです。浄土真宗の祖親鸞聖人は、上記慈圓門主のもとで得度したため、青蓮院は同宗の聖地の一つとなっています。親鸞聖人の得度の折、剃髪した髪の毛を祀る植髪堂が、境内北側にございます。
十七代門主の尊円法親王は伏見天皇の第六皇子で、名筆家として知られています。和風唐風を融合した尊円法親王の書風は「青蓮院流」と呼ばれ、江戸時代に広く普及した和様書風「御家流」の源流でもあります。
室町時代には後に室町幕府第六代将軍足利義教となる義圓が門主を務め、また衰微期の本願寺が末寺として属し、後に本願寺の興隆に尽くした蓮如もここで得度を受けています。
粟田御所 仮御所としての青蓮院
江戸時代の天明八年（1788年）に、大火によって御所が炎上しました時に、後桜町上皇は青蓮院を仮御所としてご避難されました。庭内の好文亭はその際には御学問所として御使用されたものであります。
また、青蓮院は粟田御所と呼ばれており、「青蓮院旧仮御所」として国の史跡にも指定されています。
